Markus Pelli aloitti sellonsoiton opintonsa vuonna 1982 Keravan musiikkiopistossa Anja Majan johdolla. Keväällä 2001 hän valmistui Helsingin Konservatoriosta musiikkipedagogin koulutusohjelmasta sellonsoiton opettajaksi. Konservatoriossa hänen opettajinaan toimivat Tapani Heikinheimo, Tuija Rantamäki ja Heikki Rautasalo. Mestarikursseilla Pelli on lisäksi opiskellut mm. Martti Rousin ja Marko Ylösen johdolla. Ohjausta barokkisellon soitossa hänelle on antanut Timo Juntura. Syksyllä 2003 Markus Pelli aloitti solistiset erikoistumisopinnot Stadia-ammattikorkeakoulussa, päämääränään diplomitutkinto.

Kamarimusiikkia Pelli on soittanut ahkerasti erilaisissa kokoonpanoissa. Oulunsalo Soi -musiikkijuhlien yhteydessä hän on tehnyt yhteistyötä mm. amerikkalaisten barokkispesialistien David Schraderin ja Elisabeth Blumenstockin, sekä unkarilais-syntyisen Miklos Spanyin kanssa. Tammikuussa 2003 hän liittyi Kiotossa, Japanissa toimivan Nagaokakyo Chamber Ensemblen jäseneksi. Orkesteri kokoontuu harjoitus- ja konserttiperiodin merkeissä kolme-neljä kertaa vuodessa.

Markus Pelli toimii yhteispäätoimisena sellonsoiton opettajana Nurmijärven ja Kirkkonummen musiikkiopistoissa. Lisäksi hän toimii vakituisena orkesterimuusikkona Hyvinkään Orkesterissa ja kamariorkesteri La Tempestassa.