Pertti Pekkanen toimi Kuopion kaupunginorkesterin kapellimestarina Sibelius-Akatemian orkesterinjohdon vt. professuurinsa jälkeen vuosina 1989-91. Nykyään hän toimii Vaasan kaupunginorkesterin kapellimestarina.

Pertti Pekkanen suoritti kapellimestaritutkinnon Sibelius-Akatemiassa vuonna 1972 opettajinaan Tauno Hannikainen, Simon Parmet sekä Jorma Panula. Vuonna 1973 Pekkanen osallistui Berliinin Karajan-kapellimestarikilpailuun, selviytyen semifinaaliin. Hän on syventänyt opintojaan mm. Itävallassa professori Hans Swarowskyn johdolla sekä Englannissa ja entisessä Tsekkoslovakiassa.

Suuren yleisön tietoisuuteen Pekkanen tuli jouduttuaan yllättäen täyttämään sairastuneen kapellimestarin paikan Helsingin kaupunginorkesterin konsertissa vuonna 1973. Tämän jälkeen hän työskentelikin orkesterin apulaiskapellimestarina kausina 1973-1974. Onnistuneen debyytin jälkeen hänet kiinnitettiin Turun kaupunginorkesterin taiteelliseksi johtajaksi vuodesta 1975 alkaen. Tätä vakanssia Pekkanen hoiti peräti 12 vuotta. Lisäksi hän on toiminut Lappeenrannan kaupunginorkesterin kapellimestarina.

Pekkanen debytoi Suomen Kansallisoopperassa vuonna 1985, jonka jälkeen hän on johtanut mm. Carmenin, Pohjalaisia sekä Kalevi Ahon Hyönteiselämää -oopperan. Tampereen oopperassa hän on johtanut mm. Patarouvan, Lentävän Hollantilaisen ja Manon Lescautin, jonka nimiroolin lauloi Karita Mattila. Savonlinnan Oopperajuhlilla Pekkanen on johtanut mm. Verdin Kohtalon voiman.

Pekkasen uraan sisältyy lukuisia kapellimestarivierailuja ulkomaille, mm. Ruotsiin, Norjaan, Tanskaan, entiseen Itä-Saksaan, Puolaan, entiseen Tsekkoslovakiaan, Japaniin sekä entiseen Neuvostoliittoon, missä hän johti Leningradin filharmonikkoja. Hän toimi Okkko Kamun ja Akeo Watanaben ohella kapellimestarina Helsingin kaupunginorkesterin Japanin matkalla vuonna 1982.

Pertti Pekkanen on levyttänyt paljon suomalaisten orkestereiden kanssa lähinnä suomalaista musiikkia. Einar Englundin 1. ja 2. sinfoniat sisältävä levy valittiin aikoinaan Vuoden levyksi. Lisäksi hän on levyttänyt mm. Einojuhani Rautavaaran Cantus Arcticuksen sekä Uuno Klamin ja Ernest Pingoudin musiikkia.